Wystawa Wawel Zaginiony w obecnym kształcie została udostępniona zwiedzającym w r. 1975. Kontynuuje ona tradycje dwóch poprzednich wystaw poświęconych historii wzgórza wawelskiego, zorganizowanych w pobliżu reliktów rotundy śś. Feliksa i Adaukta (Najświętszej Marii Panny), wzniesionej na przełomie w. X i XI. Sale wystawowe obejmują m. in. budynek dawnych kuchni królewskich i wozowni. Wyjątkowy charakter wystawy polega na połączeniu różnych typów ekspozycji muzealnej. W obrębie rezerwatu archeologiczno-architektonicznego, poza zabytkami architektury z różnych okresów zabudowy wzgórza, są eksponowane w sposób tradycyjny obiekty pochodzące z badań archeologicznych oraz modele budowli. W jednej z sal można podziwiać bogatą kolekcję renesansowych kafli.
Wawelskie lapidarium to zbiór kamiennych rzeźb i detali architektonicznych pozyskanych w trakcie prac konserwatorskich, oraz badań archeologicznych prowadzonych na terenie wzgórza niemal od stulecia. W części wystawy, poświęconej kamiennej dekoracji budowli, jest eksponowany wybór najcenniejszych wawelskich obiektów. Są one prezentowane nie tylko jako elementy wystroju architektonicznego, ale mają za zadanie również ilustrować losy związane z przekształceniem historycznych budowli Wawelu. W kolejnych salach zgrupowano: detale architektoniczne związane z dziedzińcem arkadowym – fragmenty kamieniarki pochodzące z wystroju pałacu królewskiego oraz detale odnalezione w czasie prac archeologicznych na dolnym tarasie ogrodów królewskich, a także zabytki związane z katedrą wawelską. Dużą atrakcją lapidarium jest ekspozycja gipsowych odlewów dekoracji Kaplicy Zygmuntowskiej.
Wystawa mieści się w 9 pomieszczeniach.