Wawelskie lapidarium to zbiór kamiennych rzeźb i detali architektonicznych pozyskanych w trakcie prac konserwatorskich, oraz badań archeologicznych prowadzonych na terenie wzgórza niemal od stulecia. W części wystawy, poświęconej kamiennej dekoracji budowli, jest eksponowany wybór najcenniejszych wawelskich obiektów. Są one prezentowane nie tylko jako elementy wystroju architektonicznego, ale mają za zadanie również ilustrować losy związane z przekształceniem historycznych budowli Wawelu. W kolejnych salach zgrupowano: detale architektoniczne związane z dziedzińcem arkadowym – fragmenty kamieniarki pochodzące z wystroju pałacu królewskiego oraz detale odnalezione w czasie prac archeologicznych na dolnym tarasie ogrodów królewskich, a także zabytki związane z katedrą wawelską. Dużą atrakcją lapidarium jest ekspozycja gipsowych odlewów dekoracji Kaplicy Zygmuntowskiej.