W obrębie rezerwatu archeologiczno-architektonicznego, poza zabytkami architektury z różnych okresów zabudowy wzgórza (min. rotundę ŚŚ. Feliksa i Adaukta), są eksponowane w sposób tradycyjny obiekty pochodzące z badań archeologicznych oraz modele budowli. W jednej z sal można podziwiać bogatą kolekcję renesansowych kafli.

W pałacowych piwnicach można zobaczyć nieznany dotąd zbiór nowożytnych detali architektonicznych i kamiennych rzeźb odkrywanych podczas badań i zabezpieczanych w czasie prac konserwatorskich od XIX wieku po czasy współczesne. Zwiedzający po raz pierwszy zobaczą, jak budowano renesansową rezydencję, doświadczą ukrytej przez wieki historii oraz poznają dzieło ludzi, którym zawdzięczamy zachowanie budowli wawelskich.