W 2022 roku na ekspozycji Wawel Zaginiony została otwarta nowa sala prezentująca najstarsze odkryte na wzgórzu zabytki w ramach wystawy „Pradzieje Wawelu”, która w istocie stanowi dopełnienie obecnej wystawy. W niedługim czasie planowana jest zmiana aranżacji części wystawy w zakresie ekspozycji znajdujących się w pomieszczeniach wozowni królewskich oraz w dawnej izbie mniejszej kuchni królewskich, gdzie w gablotach prezentowane są zabytki archeologiczne odkryte na Wawelu. Eksponaty z sekcji lapidarium znajdujące się na obecnej wystawie nie będą przenoszone na nową wystawę w piwnicach pałacu. Przygotowywana wystawa „Wawel Podziemny – Lapidarium” będzie prezentować nieznany dotąd zbiór detali architektonicznych i kamiennych rzeźb odkrywanych podczas badań archeologicznych i zabezpieczanych w czasie prac konserwatorskich od XIX wieku. Oprócz funkcji ekspozycyjnej nowe lapidarium będzie również pełniło funkcję magazynu studyjnego, w którym zabytkowe elementy kamieniarki zostaną udostępnione do dalszych badań oraz zajęć dydaktycznych.

Ołtarz tzw. zatorski oraz tympanon z nagrobka Piotra Tylickiego zostały w XIX wieku przeniesione z Katedry Wawelskiej do kościoła parafialnego w Zatorze za przyczyną Anny z Tyszkiewiczów Dunin–Wąsowiczowej, która była kolatorką tej świątyni. Sam ołtarz zamierzano przenieść do Muzeum Diecezjalnego jeszcze przed II wojną światową i w związku z tym go rozebrano, jednak wybuch wojny udaremnił te plany. Z inicjatywy prof. Jerzego Szablowskiego, ówczesnego dyrektora Zamku Królewskiego na Wawelu, zabytek został pozyskany do zbiorów wawelskiego lapidarium w roku 1950. Obecność tympanonu z nagrobka Piotra Tylickiego na fasadzie zachodniej kościoła w Zatorze wzmiankowana jest jeszcze w 1953 roku. Podobnie jak w przypadku ołtarza zatorskiego, inicjatorem powrotu na Wawel tego cennego zabytku w połowie lat 50. XX wieku był Jerzy Szablowski. Do czasu rozszerzenia wystawy „Wawel Zaginiony” w 2013 roku o nowe sale ekspozycyjne zabytki te nie były wcześniej udostępnione zwiedzającym.

Relikty rotundy śś. Feliksa i Adaukta z przełomu X-XI wieku należą do najlepiej zachowanych obiektów architektury przedromańskiej i najstarszych budowli kamiennych w Polsce. Ranga tego obiektu sprawia, iż ma on specjalne wymagania konserwatorskie, które uniemożliwiają prowadzenie we wnętrzu rotundy regularnego ruchu turystycznego z obawy przed degradacją bezcennego zabytku.

Bez wątpienia najcenniejszym zabytkiem wystawy „Wawel Zaginiony” są pozostałości rotundy śś. Feliksa i Adaukta wzniesionej na przełomie X-XI wieku. To właśnie wokół tego bezcennego obiektu został zrealizowany rezerwat archeologiczno-architektoniczny w postaci obecnej wystawy.

Kuchnie Królewskie zostały wzniesione w latach 1515-1518 wzdłuż zachodniego skrzydła pałacu, pomiędzy Wieżą Lubranką a Rotundą św. Feliksa i Adaukta. Budowla miała dwie kondygnacje użytkowe, a całość była zwieńczona strzelistym dachem z wysoko wyprowadzonymi kominami. Obiekt wzniesiono z cegły na planie zbliżonym do kwadratu o wymiarach 30 x 25 metrów. Przez środek parteru biegła wybrukowana sień przelotowa umożliwiająca komunikację z dolnym zamkiem z pominięciem głównej bramy. W rzeczywistości kuchnie składały się z czterech pomieszczeń o różnych rozmiarach, z których dwa największe znajdowały się od frontu. Pośrodku każdego z pomieszczeń znajdowały się potężne piece. Największa kuchnia należąca do króla miała 140 m². Nieco mniejsza zlokalizowana po przeciwnej stronie mierzyła niespełna 100 m² i należała do królowej. Dwa wyraźnie mniejsze pomieszczenia kuchenne były wykorzystywane zapewne na potrzeby dworzan czy też służby wielkorządowej. Na piętrze kuchni znajdowały się komórki i schowki oraz trzy apartamenty. Król i królowa zawsze spożywali posiłki osobno, co było elementem tradycji sięgającej jeszcze czasów Władysława Jagiełły. Mieli oni także osobne spiżarnie oraz osobną służbę kuchenną, co wiązało się także z różnymi upodobaniami kulinarnymi pary królewskiej. W samej kuchni zatrudniano około trzydziestu osób na zasadzie organizacji cechowych. Koszty utrzymania kuchni królewskiej były ogromne. U schyłku życia Zygmunta Starego około jednej czwartej budżetu przeznaczano na funkcjonowanie kuchni.

Po zachodniej stronie pozostałości rotundy śś. Feliksa i Adaukta znajdują się relikty przedromańskiego muru stanowiącego niegdyś niewielkie mauzoleum grobowe. W obrębie tego aneksu odkryto pozostałości częściowo uszkodzonego pochówku szkieletowego. Na palcu pochowanego mężczyzny znajdował się pierścień wykonany ze sztabki złota, który zapewne stanowi ogniwko łańcucha. Okoliczność, w której zmarły został pochowany w specjalnie wzniesionej i dobudowanej do rotundy konstrukcji nekropolicznej, pozwala na domniemanie, iż mamy do czynienia z osobą ówczesnej elity feudalnej. Pozostałości odkrytego szkieletu zostały zachowane in situ w miejscu odkrycia i nakryte szklaną pokrywą jako świadectwo wielu innych niezachowanych pochówków, które znajdowały się wokół licznych wawelskich świątyń.